根据A.恩格勒的系统，该科植物分为3个亚科：①莲亚科。仅有1属，即莲属，2种，一种产亚洲和澳大利亚东北部，另一种产美洲。有导管；无具叶的茎；花药外向，花粉具3沟；心皮多数，分离，嵌生于倒圆锥状花托的穴内，子房上位，有1～2胚珠；种子有很少的胚乳，无外胚乳，如莲（荷花）。②莼亚科。有2属，莼属，1种，产亚洲东部、大洋洲、北美洲和非洲西部；水盾草属，6～7种，产美洲温暖地区。无导管，有具叶的茎；花药侧向 ，花粉具单沟；心皮3～18，分生，子房上位，有2～3胚珠；种子有少量胚乳和丰富的外胚乳，如莼菜。③睡莲亚科。有6属，包括睡莲属、芡实属、王莲属、萍蓬草属。无导管；无具叶的茎；花药内向，花粉具单沟，稀无萌发孔；心皮5至多数，合生，子房半下位或下位，有多数胚珠；种子有少量胚乳和丰富的外胚乳，如睡莲、芡实、王莲等。